Након спаљивања школе, у марту 2004. године, уследио је период када се о повратку богословаца у чувену богословску кућу чика Симе могло само чути у песмама. Реткост су били ентузијасти који су очекивали да се након протеривања готово свог српског становништва из овога града, икада може поново обновити рад школе.
Постављањем епископа Теодосија (Шибалића) на свештени трон епископа рашко-призренских у децембру 2010. године, један од првих већих подухвата био је обнављање рада богословије у Призрену, под чијим је надзором извршена обнова Симине зграде у оквиру комплекса школе. На иницијативу епископа Теодосија, који у допису Синоду наводи да су се након обнове зграде стекли минимални услови за обнављање рада школе у Призрену, а уз сагласност Светог Архијерејског Сабора, одобрено је да се у школској 2011/2012. години упише прва генерација богослова у обновљеној Симиној згради у Призрену.
Иако услови на Косову и Метохији у том тренутку нису ни мало били идеални, иницијатор је истакао неколико услова који говоре у корист обнове рада школе. То су враћање седишта епархије у Призрен, обнова саборног храма Светог Георгија и назнаке да се могу обновити још неке од запаљених зграда унутар комплекса богословије. У истом допису као значај обнове рада школе у Призрену, епископ Теодосије види као ”чврсту намеру наше Цркве да остане и опстане на овим просторима и да обновом рада ове угледне црквене институције, која је дала генерације свештеничких кадрова од свог настанка, пружи још већи допринос повратку нашег избеглог народа”. Свети Архијерејски Сабор Српске Цркве прихватио је наведени предлог, али са одређеном резервом јер још није било извесно да ли се до краја може обновити рад школе или само као неко издвојено одељење.
Тако је прва генерација од 11 ученика обновљене школе почела са радом 21. септембра. Професорски кадар чинила су само три професора – јеромонах Андреј, јерођакон Силуан и Дејан Ристић, док је за в.д. ректора именован епископ Теодосије. Важно је напоменути да су професори били не само предавачи у ужем смислу, него су ђацима замена за родитеље. Специфичност услова у којима су живели је таква да су ученици готово у свему ослоњени на своје предаваче. То значи да је сваки излазак изван круга школе, подразумевао пратњу некога од професора. На такав начин стварала се једна породична топла атмосфера, која је била плодна како за умни и духовни, тако и за физички раст ђака. Стешњени спољашњим условима, били су слободни својим унутрашњим бићем и љубављу једних према другима.
Богословија је приликом обнове рада, имала на располагању само још једно здање, тзв. Катићеву зграду, која је обновљена уз помоћ прилога добротвора из Италије. У тој згради налазила се кухиња и трпезарија, коју су користили заједно професори и ученици. Поред тога, ту су се налазили, а и данас налазе, станови за професоре. Током прве године рада велики прилог упутила је Руска Православна Црква, која је уплатила прилог за даљу обнову зграда богословије. Тиме су се стекли услови да се даље ради на обнови Ректорове куће и још три стана за професоре, чиме су се стекли услови да се упише и друга генерација ученика. Обновљена школа је уз помоћ великог броја добротвора полако се опремала свим неопходним за своје несметано функционисање. Међу првим приложницима школи били су: његова Светост патријарх српски Г. Иринеј, некадашњи ученик и ректор ове школе, умировљени Епископ захумско-херцеговачки Атанасије, Митрополит црногорско-приморски Г. Амфилохије, Епископ бихаћко-петровачки Г. Хризостом, Епископ бачки Г Иринеј, Епископ ваљевски Г. Милутин и многи други епископи, игумани, свештеници и верници из земље и иностранства. На самом почетку обнове, као и касније, школу су помогле и многе државне институције Републике Србије, које су се врло радо одазивале на било какву молбу управе школе.
Упоредо са васкрсавањем рада школе, радило се на богослужбеној обнови бројних храмова на територији града Призрена. О томе да су се од првих дана свога боравка посебно бринули да се служи у скоро свим храмовима где је то могуће, сведоче и речи епископа Теодосија: ”Док није било нашег народа у граду, важили су у овом погледу Његошеви стихови ”Мало руках, малена и снага”. Већ са првом генерацијом од 11 богослова, ово се унеколико променило, и са радошћу гледамо у будућност у којој ће многи богословци допринети да се српске цркве у Призрену уреде, очисте и, пре свега, поново омолитве”.
Уследиле су нове генерације ученика већ наредне 2012/2013. године уписано је 14 ученика, а са њима дошло је и троје нових професора. Број ученика по години је био око 10 по генерацији, што је и даље остављала могућност да се доста времена посвети индивидуалном раду са ученицима. Већ од 2014. године сви смештајни капацитети школе су попуњени, а трпезарија постала тесна за све професоре и ученике. Међутим, када је у Призрену тесно, то значи да има ко у њему да живи, тако да је овај период посебно испуњен радошћу, грајом и песмом ђака и професора.
До потпуне обнове свих зграда богословије дошло је у мају 2016. године, а те године је своје богословско образовање завршила прва генерација ученика уписаних 2011. године. Била је то једна круна свеукупног рада у претходних пет година. Свечаност поводом потпуног обновљења школе и њено освећење предводио је блаженопочивши Патријарх српски Г. Иринеј, са великим бројем архијереја наше помесне Цркве, уз велики број гостију из земље и иностранства. Патријарх Иринеј није крио радост и одушевљењем што је једна од најзначајнијих образовних институција поново засијала новим сјајем, а посебно што је то један важан корак ка очувању светиња овога града, као и нада да ће се неко вратити да живи у Призрену.
Током ових 10 година рада богословско образовање у граду на Бистрици стекло је више од 50 ученика, док се данас у школи налази њих још толико. Од првобитне мале заједнице, настала је једна, за услове Призрена, већа заједница богословаца, професора, њихових породица и осталог особља у школи. Бивши ученици ове школе наставили су своје даље школовање, поред Богословског факултета у Београду, и на факултетима у Сједињеним Америчким Државама, Француској, Грчкој и Републици Српској. Богословија је успоставила добре односе са великим бројем значајних културних, образовних и верских институција у земљи и иностранству. Сама школа постала је значајно место на културној мапи Срба јужно од Ибра, заједно са Домом културе Грачаница. Због тога се често у просторијама школе одвијају културне манифестације намењене, не само богословцима и њиховима професорима, него и свим Србима. Другачије речено, богословија је постала стожер просветног и културног живота Срба јужно од Ибра, али и тачка у коју упиру очи сав наш народ који данас опстаје на Косову и Метохији.
Обновљена Богословија у Призрену наставила је своју мисију, коју јој је задао њен оснивач Сима Андрејевић Игуманов, а коју су одржали њени вредни ректори, професори и ученици у ових 150 година постојања. Њена мисија огледа се у очувању хришћанског и српског идентитета у граду Призрену, као и целом Косову и Метохији, али и образовању младића са васељенском визијом – ширином хришћанске љубави која у загрљај прима сваког човека и сву творевину Божију. Као посебан вид мисије школе је њена издавачка делатност у сарадњи са Епархијом рашко-призренском. До сада је у издању школе одштампано више од десет теолошких, историјских, културних и књижевних издања. Посебно се међу издањима истичу музички дискови са певањем богословаца, на којима се, поред традиционалног црквеног певања, чува традиција певања нашега народа на просторима Косова и Метохије, као и Старе Србије у целини.
”Синови народа прогнана”, како се каже у химни обновљене богословије, постали су сведоци Васкрсења, савремени чувари наше традиције Душанове престонице, баштинари лепоте велелепне Љевишке и нова жива задужбина нашега народа на Косову и Метохији. Једнога дана, када рашире своја крила и одлете из богословског гнезда на Бистрици, сведочиће својим животом да је Жив Бог наш, Који учини на нама велика и неизрецива чудеса, као и да је жив народ наш на Косову и Метохији.
јеромонах Исидор (Јагодић)