Најранији познати помена манастира Рајиновца налази се у попису из 1528. године, где се помиње као манастир Свети Рајко. Народно предање нам даје следећу причу како је манастир добио такво име. Код једног бегаљичког богаташа Бугарчића служио је момак по имену Рајко, звани Раја.
Након што је одслужио своје, Бугарчић му исплати зарађену количину дуката. Након што се упутио својој кући, Рају код извора сачекају синови његовог газде и убију га, новац покупе, а Рајино тело затрпају. Након неког времена чобани су пронашли Рајино тело и известили су газду код кога је служио. Закључивши да су Рају убили његови синови, газда да би окајао грех који су починили његови синови, на свом имању, недалеко од извора, подигне малу дрвену цркву. У народу се задржало да је цркву подигао „Рајин новац“, те се она зато и назива Рајиновац. Манастир је како у прошлости, тако и данас, заузима значајно место у повести народа овог краја, који у њему налази пре свега духовну утеху. Чудотворна икона Богородице и извор воде су непресушни помоћници људима који са вером долазе у ову свету обитељ. Поред црквеног живота народа овог краја, манастир је и био и центар народних дешавања и заједно је са народом доживљавао периоде процвата, а исто тако и периоде страдања. Манастирски храм посвећен је Рођењу Пресвете Богородице (Мала Госпојина).
У попису Београдске митрополије из 1732. године за храм манастира Рајиновац је речено да је од дрвета, дужине 35, а ширине 14 аршина, са засведеним наосом. Та стара дрвена црква убрзо је изгорела, па су током 18. века, на истом згаришту, подигнуте још две цркве брвнаре. Темељна обнова манастира извршена је 1793. године заслугом и материјалном помоћи бегаљичког обор-кнеза Стефана Андрејевића Палалије. Кнез Палалија, кога су убиле дахије 1804. године у Сечи кнезова, сахрањен је манастирском храму. Данашња црква је подигнута 1842. године. Једна од значајнијих поправки манастирског храма била је 1932. године, када су око здања изграђени контрафори (потпорни зидови) како би се спречило пропадање и даље улегање у тло. „Манастир, иначе, иде у сусрет сасвим неизвесним данима. Један део брега на коме манастир лежи помера се лагана ка долини. И манастир клизи. Зидови пуцају, а велике плоче на плоче на патосу прснуле су у овом померању“, записао је новинар Анте Матекало, 1938. године.
Црква је конципирана као једнобродна грађевина са широком кружном апсидом на источној страни и две бочне правоугаоне певнице (у унутрашњости полукружне) и припратом на западној страни. Зидана је од ломљеног и тесаног камена кречњака пешчара. Унутрашњост цркве је подељена на четири травеја. Како би се вратио првобитни изгледа цркве, извршена је 1983-1985. године обимна реконструкција, а обновљени манастирски храм је освештан 1987. године.
Манастир Рајиновац је 1861. године посетио професор Крагујевачке гимназије Јосиф Веселић који је био фасциниран тамошњом библиотеком која је, поред црквених и хришћанских моралних књига била опскрбљена и насловима из класичних наука, философије и других хуманистичких дисциплина. Од те библиотете заједно са архивом из 19. века, није се ништа сачувало, што не треба да чуди када знамо каква страдања су задесила српски народ у оба Светска рата. Манастир је посебно страдао 1943. године када су партизани убили настојатеља Емилијана Брановачког и девастирали светињу паљењем конака, подигнутог 1910. године. Градња новог конака у манастиру, по пројекту архитекте Драгомира Тадића, трајала је од 1973. до 1973. године. Данашњи изглед конак је добио након доградње по пројекту архитекте Љубице Бошњак, 2008. године.
Од старог манастирског иконостаса сачувано је шест престоних икона, рад руског сликара А. Колчина из 1876. године. Поред вредних старих штампаних богослужбених књига, у манастирској ризници чува се крст из 1551. године у дуборезу са сребрним оковом. Нови живопис y манастиру Рајиновац, почет је 1993. завршен 2004. године, рад је академског сликара Драгомира Јашовића-Јаше.
Рајиновац је од свог оснивања био мушки, док је 1948. године претворен у женски манастир. Најпознатији рајиновачки монах био је архимандрит Теодосије Мраовић, потоњи митрополит београдски и архиепископ Краљевине Србије (1882-1888). Током управе игуманија Анастасија Кевић (1969-1997) и Минодоре Томић (1997-2019), манастир је имао и духовнике, архимандрите Авакума Росића (1975-1992) и Стефана Шарић (2011-2018.). Након упокојења игуманије Минодоре 2019. године, управу над манастиром врши архимандрит Серафим Кужић.
Приредила редакција портала "Ризница"
