Санација у земљотресу оштећеног Цетињског манастира, најзначајнијег културно-историјског споменика на Цетињу, пружила је прилику да се поред грађевинских и занатских радова на објекту, адаптира и постави нова музејска презентација Манастирске ризнице и санирају гробнице књаза Данила и воjводе Мирка у цркви Манастира.
У мају 1986. год. приликом отварања гробница књаза Данила и великог војводе Мирка испољена је неодговорност и несавјесност укључених у реализацији нове презентације гробница.
Иако приликом отварања гробница нема црквеног обреда, већ се тај обред врши приликом повратка костију у гробнице, све ово је урађено на неодговоран и нецивилизован начин од стране укључених у снацији манастира. Радници фирме ,, Комар“ из Горњег Вакуфа у Босне, која је изводила радове за рачун Завода за заштиту споменика културе СР Црне Горе, у присуству јеромонаха из манастира, а у одсуству митрополита и игумана Манастира, да би убрзали радове неовлашћено су отворили и оштетили бочне стране гробница. На сву срећу, случајно је наишао представник инвеститора инг. Љубо Иванишевић и спријечио даља оштећења.
Овакав поступак изазвао је револт јавности, тако да су се овим бавили Скупштина општине, Извршно вијеће СР ЦГ и Предсједништво СР Црне Горе. У ствари, несинхронизован рад учесника у санацији под руководством Завода за заштиту споменика културе СР Црне Горе, недовољна дефинисаност пројекта и у суштини аљкав однос условили су овај неодговоран и непримјеран чин. Пројектном документацијом предвиђена је због малог простора у цркви нова презентација гробница у цркви, али како ће изгледати и што треба урадити, није било дефинисано. О самом догађају скрнављења гробница општински и републички органи обавијештени су послије двије недјеље од стране пројектанта и надзорног органа Републичког завода за заштиту споменика културе.
Послије овог немилог догађаја Комисија за подизање споменика и спомен обиљежја прихватила је предлог Завода за заштиту споменика о презентацији гробница у цркви Рођења Богородице у Цетињском манастиру.
Убрзо потом надлежни суд је осудио јеромонаха Никодима Комљеновића због дозвољавања радницима да неовлашћено без присуства надлежне комисије отварају гробнице, иако он није био нити инвеститор нити налогдбодавац већ Завод за заштиту споменика културе СР Црне Горе. Да ли се одлука јеромонаха да помогне, може приписати само његовој самовољи и наивности?
На јавно одржаној сједници овим поводом 11. јуна 1986. год. Митрополит црногорско-приморски господин Данило је тако неочекивани публицитет прокоментарисао овако:
„Било је пропуста у овој нашој Републици већих од овога да никога глава није забољела и да новине нијесу писале. Ја мислим да треба настојати да се ствари стишају, да се не сипа уље на ватру, већ воду да би се ватра угасила.“
Приликом посјете Митрополији у вези с поставком Манастирске ризнице, која је услиједила послије изрицања пресуде јеромонаху Никодиму, Митрополит црногорско-приморски господин Данило рекао ми је сљедеће:
„Нема правде, госп. Јоване. Политичари погазише аманет владике Његоша, срушише законом заштићену цркву Светог Петра Цетињског и гроб Његошев, и за то их Тито одликова. Ја тужих Уставном суду Југославије политичаре из Црне Горе, због кршења Устава и гажења закона, и никоме ништа. Ја нијесам тужио раднике и надзорнике већ налогодавце из власти који су срушили светиње на Ловћену. А сада, ево, осудише јеромонаха Никодима затвором због његове жеље да помогне да се убрзају радови које није изводила Црква и његове наивности да се упетља у нешто што није био задужен да ради. Он је то урадио без злих намјера и ту нема никаквог политичког чина како неки то желе представити. Власт која је срушила наше светиње на Ловћену, осуди вриједног јеромонаха који је свих ових година брижно чувао гробове свих Петровића у Манастиру. Очигледно је да код нас нема правде ни закона“.
Јасно је било да су притајени комунисти – сепаратисти из врха републичке власти и њихови сателити са препознатљивом србофобијом овај неодговорни поступак извођача радова и надзорних органа у санацији Цетињског манастира покушали претворити у политички процес у којем је директно суђено свештенику Никодиму, а индиректно Митрополији црногорско-приморској и Српској православној цркви.
Формално-правно гледано, јеромонах Никодим није био шеф радницима фирме „Комар“ из Горњег Вакуфа, нити је био надзорни орган Завода за заштиту споменика културе, а још мање пројектант гробница.Другим ријечима, није он могао никоме наредити почетак радова на гробницама. Због његове присутности неовлашћеном почетку радова и физичке помоћи коју је пружио радницима приликом отварања гробнице окарактерисан је као кривац и саучесник.
Парадоксално звучи, али је тачно да је само јеромонах Никодим осуђен а стварни кривци, они који су били задужени за надзор и извођење радова остали су без кривице, вјероватно у корист „братства и јединства“ са извођачем радова, који је био из БиХ и заштите државних службеника из Завода за заштиту споменика културе, који су били носиоци посла и надзорни орган на санацији Цетињског манастира.
Не могу се отети утиску да је тадашња медијска сатанизација јеромонаха Митрополије црногорско-приморске, од једног дијела гласила, била у функцији једне друге иницијативе, коју је почетком 1986. год. био покренуо Димитрије Пејовић, секретар СИЗ-а Национални парк „Ловћен“. У ствари Димитрије Пејовић је поново званично покренуо питање преузете обавезе од стране власти да порушена црква (капелица) на Ловћену буде подигнута на новој локацији.
Почетком 1991. Митрополит Амфилохије је именовао јеромонаха Никодима (Комљеновића) за новог настојатеља Цетињског манастира. Отац Никодим рођен је 24. марта 1945. у Рајловцу код Сарајева. За јерођакона и потом за јеромонаха рукоположен је 1966. у манастиру Острогу од Митрополита Данила Дајковића. У току 1978. отац Никодим је постављен за сабрата Цетињског манастира. У том својству он ће 1991. преузети и звање настојатеља Цетињског манастира. Већ октобра 1992. отац Никодим је постављен за настојатеља манастира Ђурђеви ступови код Берана. У том звању остаје све до упокојења 2004. Сахрањен је у гробљу манастира Ђурђеви ступови.
Јован Маркуш