По традицији установљеној од својих претходника и митрополит Петар II Петровић Његош је одредио себи насљедника у лицу једног од својих синоваца, Данила Станкова Петровића, за кога је сматрао да ће моћи да изнесе тежину и одговорност духовне и свјетовне управе у Црној Гори. Међутим, његов наследник Данило Петровић Његош није се замонашио већ је одијелио црквену власт од свјетовне, и прогласио се за књаза 1852. године. Смрћу митрополита Петра II Петровића Његоша 1851. године престала је теократска владавина у Црној Гори.
Будући црногорски и брдски митрополит Никанор Ивановић – Његуш, рођен је у Дрнишу у Далмација, око 1825. године. Потиче од породице која је даљим родом из Црне Горе, са Његуша, одакле се одселила у Горњу Далмацију (Дрниш). По мјесту одакле су се доселили узели су презиме Његуш. По доласку у Црну Гору митрополит Никанор се није потписивао презименом Његуш, већ Ивановић, по очевом имену.
Богословију је учио у Шибенику и Задру, једно вријеме је боравио у манастирима Крки и Драговићу. Замонашен је крајем децембра 1851. године у манастиру Савина код Херцег Новог. За јерођакона и јеромонаха рукоположио га је Јеротеј Мутибратић, епископ далматински. Почетком јуна 1852. године дошао је на Цетиње, гдје је поред осталог радио и као учитељ у првој редовној основној школи која је радила под сводовима Цетињског манастира. За архимандрита га је произвео Стефан Кнежевић, епископ далматински, 20. септембра 1853. године.
Доношењем Законика Данила I 1855. године настале су нове околности у животу и раду свештенства и монаштва Митрополије црногорске која је уз то већ пет година била без свог поглавара. Као игуман Цетињског манастира, архимандрит Никанор се прихватио рада на устројству државне цркве у Књажевини Црној Гори и Брдима. Богословски веома образован, саставио је правило које је садржавало око 50 чланова, тј. догматских заповести, по којима се свештенство имало управљати.
Архимандрит Никанор, о ком су савременици записали да је био „врло угледан и зреле памети“, бива 1857. године, од стране кнеза Данила постављен за секретара и потпредсједника Правитељствујушћег сената црногорског и брдског.
Послије проглашења Законика Данила I, православље је постало државна вјера, а избор митрополита црногорског и брдског доведен у директну зависност од расположења и воље земаљског владара. Да би учврстио своје везе са Петроградом, књаз Данило решава да пошаље образованог архимандрита Никанора, игумана Цетињског манастира, на завладичење у Русију, што је изазвало проблеме са Аустријом, обзиром да је она Никанора још сматрала својим подаником. Предлог аустријске владе да се архимандрит Никанор завладичи у Карловцима на аустријској територији, књаз Данило је сматрао као покушај да се Митрополија црногорска и брдска стави у зависан положај од Аустрије. Послије добијања и формалног „отпуста“ из аустријског држављанства, па чак и дипломатског спора између одговарајућих институција Русије и Аустрије, Никанор је хиротонисан у Александро-невској лаври у Петровграду, у децембру 1858. године.
За вријеме своје краткотрајне митрополитске службе, Никанор Ивановић Његуш је својим трудом на образовању свештенства несумњиво утро пут за отварање Цетињске богословије, које је услиједило десетак година касније (1869). Током боравка у Русији, поред скупљања прилога за отварање школа и обнову цркава, настојао је и да добави једну штампарију за Црну Гору. Постоје свједочанства и о томе да је на његову молбу, руска влада одобрила да се два младића приме на изучавање иконописа у Тројице-Сергијевој лаври, што је представљало допринос теолошком образовању будућих иконописаца.
Када је књаз Данило убијен у Котору 1860. године, митрополит Никанор је дошао са Цетиња у Котор и више се није враћао на владичански трон. Брат књаза Данила, велики војвода Мирко, са којим је митрополит Никанор дошао у сукоб, забранио му је да чинодејствује на сахрани књаза Данила. Послије тога, новоименовани кнез је телеграфским путем оспорио повратак митрополиту Никанору из Котора (тада Аустрије) у Црну Гору. И аустријска власт је и овом приликом показала према њему свој од раније негативан став, тиме што је, одмах по добијању писма са Цетиња којим је потврђено његово отпуштање са службе у Црној Гори, морао напустити Котор. Митрополит Никанор је преко Трста отишао до Беча, гдје је у руској амбасади објаснио свој случај и добио одобрење да се може настанити у Русији, гдје му је додијељена и пензија. У Русији је живио на Севастопољу и у једном руском манастиру близу Петрограда до 1884. Од 1884. до упокојења је живио у Дубровнику, Сплиту и Горици у Истри.
Упокојио се 26. марта 1894. у Горици и сахрањен је уз олтар цркве св. Спиридона на српском гробљу у Трсту. Посредством Српске црквене општине у Трсту подигнут му је надгробни споменик. Упокојење бившег митрополита Никанора објављено је некролозима у „Гласу Херцеговца“ и „Српским новинама“.
Митрополит Никанор је столовао на Цетињској катедри од 1858. до 1860. године.
