Историја Манастира Студенице уграђена је у саме темеље српске духовности и државности. Од оснивања надаље, посебно старање и љубав према овој Лаври испољавали су како владари и јерархија српске Цркве, тако и читав српски народ.
Подизањем славног Хиландара Свети Симеон и Сава Српски прибројали су себе и отачество «јату» доброгласних грлица богољубивих монашких заједница на Светој Гори Атонској. Изградњом Студенице и преносом Немањиних моштију у њу, почело је да куца само срце Српске Православне Цркве, чија је глава до данас остала узвишена и света Патријаршија у Пећи. Студеници се непрестано враћао и сам Свети Сава, не заборављајући очеву задужбину и гробну цркву. Са посебном бригом ослушкивао је дамаре њеног бића старајући се, и издалека, о студеничком братству и игуманима. Игуману Спиридону из далеког Јерусалима са једног од својих путовања у Свету земљу (вероватно 1234. године) пише у Студеницу обавештавајући га о себи са пуно братске љубави, чежње и бриге према отаџбини, шаљући му поклоне. Доментијан је записао две беседе које је Свети Сава изговорио у Студеници, једну као игуман овог манастира, а другу као архиепископ српских и поморских земаља.
Наследници на трону Стефана Немање, генерацијама кроз векове, показали су се као истакнути задужбинари Студенице, било материјалном потпором, било изградњом нових ктиторија сакралне или профане намене. Краљ Радослав, унук Стефана Немање, подигао је око 1235. године монументалну спољашњу припрату испред Богородичиног храма. Српски краљ Милутин саградио је 1314. године малу цркву посвећену светим Јоакиму и Ани, ангажујући најбоље византијске уметнике.
На основу бакрореза израђеног 1733. године у Бечу по поруџбини патријарха Арсенија IV Јовановића Шакабенте, зна се да се некада у самом комплексу Манастира налазило чак 14 цркава, од којих су данас потпуно сачуване три, које су и богослужбено активне.
Постепено потпадање српских земаља под османску власт током 14. века и потпуни губитак самосталности у другој половини 15. века, довело је православну Пећку патријаршију у веома тешко стање, а њену самосталност у неизвесност. Доласком патријарха Макарија Соколовића на упражњени трон патријарха српског у Пећи 1557. године, наступа по српски народ спасоносна обнова Пећке патријаршије, чиме су створени услови за оживљавање црквеног и духовног живота. И Студеница је 1568. године старањем игумана Симеона и студеничког братства, доживела значајну обнову. Манастир је током дугог раздобља турске власти делио судбину народа и Цркве. Турци су најпре претопили оловну кровну конструкцију у муницију. Потом је Студеница опљачканa након великог аустријско-турског рата (1683-1699) после повлачења аустријске војске. Спаљена је од стране Турака 1790. године. Највећа страдања претрпела је за време Првог српског устанка. После више од две деценије боравка ван Студенице, мошти Преподобног Симона – краља Стефана Првовенчаног враћене су 1839. године у овај манастир.
Богородичина црква Манастира Студенице доживела је, нажалост, и недовољно стручну обнову 1846. године. Тада је, како би нови слој малтера за боље прионуо за зид, пре живописања које је извео сликар Живко Павловић, извршено «пиковање», чиме су трајно оштећене веома вредне фреске с почетка 13. века. Том приликом оштећен је и малтером прекривен позлаћени натпис о осликавању Богородичине цркве из времена Светога Саве, натпис који је по његовом налогу и нацрту изведен испод куполе. Сто година касније (1951), под руководством архитекте Милоша Јовановића, током конзерваторско-рестаураторских радова, овај слој најновијих фресака је уклоњен и тада се указао ктиторски натпис из 1208/1209. године. То је, заправо, било једно од највећих открића у историји српске црквене уметности у 20. веку.
Обнову Манастира Студенице у другој половини 20. века водила је Држава Србија. У више наврата, у периоду од 1968. до 1987. године, откопавани су стари конаци. Од 1986. године Манастир Студеница је под заштитом UNESCO-a. И у наше време Држава се континуирано стара да све што је у Студеници значајно буде сачувано за генерације које стасавају и генерације које ће доћи, што је од непроцењивог значаја. Само у току последње деценије откопани су остаци монументалне ктиторске резиденције Стефана Немање, која је страдала око 1400. године, доње зоне монашких конака из 13. века и пирга-осматрачнице с почетка 15. века. Сви зидови, затечени приликом ископавања у стању делимичног распадања, успешно су рестаурирани и конзервирани и данас су видљиви, те служе као изузетно вредно сведочанство црквеног и културног континуитета студеничке лавре.
